設定
選單中的「設定…」會開啟 NeoDownloader 的整體設定：適用於每個專案的設定。專案自己的設定在它的「屬性」中，參見專案。
設定視窗
左側是各個頁面，分在「程式」和「擴充功能」之下，開啟「顯示全部設定」後還有「協議」；右側是您選取的頁面。設定名稱旁邊的問號會說明這項設定的作用：把滑鼠指向它，或者按 Tab 鍵移到它上面。
「確定」會一次儲存您的全部更改，「取消」則全部放棄。有了更改之後，「確定」才會變為可用。如果您在有未儲存更改時點選「取消」或關閉視窗，NeoDownloader 會詢問「放棄未儲存的更改嗎？」，可選「繼續編輯」或「放棄」。
無法使用的值會在對應的欄位旁邊標出，它所在的頁面也會在列表中標出：「這一頁上有需要改的地方」。
顯示全部設定
有些設定是為高階使用者準備的，在您開啟左下角的「顯示全部設定」之前一直是隱藏的。含有隱藏設定的頁面會在底部註明「另有 … 項面向高階使用者的設定」，而「顯示它們」會替您開啟這個開關。
更改何時生效
「一般」頁面上的設定從您點選「確定」的那一刻起就會生效。「下載」、「執行」和「日誌」頁面上的設定，在專案開始執行時才對它生效：已經在進行的執行會沿用開始時的數值。其中一些設定會在欄位下方註明「下次執行時生效」。
只有一個例外：調高「同時執行幾個專案」後，已經在佇列中等待的專案會立即開始。
程式
一般
- 預設下載資料夾 - 新建專案時預設給出的資料夾；已有的專案保留當初給它們的資料夾。除非您另選，否則就是您的「下載」資料夾中的
NeoDownloader資料夾。「選擇…」會開啟「選擇資料夾」，其中有「上一級」、「新建資料夾」和「就用這個資料夾」。在便攜版中，這個欄位不能修改：便攜版會把檔案下載到程式旁邊，專案的資料夾可以在新建專案時選擇。 - 保留多少個已刪除的專案 - 回收站儲存多少個已刪除的專案，預設為 50 個。設為 0 時回收站什麼都不保留，刪除專案就是永久刪除。調低的數值在下一次刪除時生效。參見回收站。
- 線上檢查授權 - 獲知續期，退款後轉為免費版；預設開啟。關閉後，NeoDownloader 會繼續使用現有的授權，在授權視窗中仍可隨時手動檢查。參見線上檢查授權。
- 檢查更新 - 有新版本釋出時通知您；預設開啟。參見更新 NeoDownloader。
- ffmpeg 的路徑，開啟「顯示全部設定」後可見 - 僅用於產生影片的縮圖。留空則使用 NeoDownloader 隨附的 ffmpeg，或這台電腦上已安裝的 ffmpeg。如果您填寫的路徑指向的不是一個能正常執行的程式，影片就不會有縮圖。
下載
- 同時下載數 - 一個正在執行的專案同時下載多少個檔案，預設為 10 個。兩個專案同時執行時，各自分別遵守這個數值。站點允許的數量可能更少。
- 每個檔案試幾次 - NeoDownloader 在放棄一個檔案之前嘗試下載它多少次，預設為 5 次。站點明確拒絕的檔案（例如傳回 HTTP 404）不會再試。Video Downloader 不使用這項設定：一個影片總共嘗試三次後就放棄。
- 兩次嘗試之間最長等多久 - 以秒為單位，預設為 60。
開啟「顯示全部設定」後，還有三項設定決定等待時間。每次重新嘗試之前，NeoDownloader 等待的時間是「兩次嘗試之間第一次等多久」（預設 1 秒），每重複過一次嘗試就乘一次「等待倍數」（預設為 2），但絕不會超過「兩次嘗試之間最長等多久」。「等待抖動」會讓每次等待稍長或稍短一些（預設值為 0.25 時，最多相差四分之一），以免許多失敗的檔案在同一時刻一起重試。如果站點自己指定了等待時間，NeoDownloader 就按站點說的時間等待。
執行
- 同時執行幾個專案 - 同時下載多少個專案，預設為 2 個，最多 10 個；其餘的專案在佇列中等待。專案會一直佔著位置，直到它的檔案下載完畢，而不僅僅是到外掛結束為止。參見下載。
- 外掛不出聲等多久，開啟「顯示全部設定」後可見 - 以秒為單位，預設為 300。外掛沉默超過這個時間就會被結束，日誌中會記錄「外掛不出聲了，已被結束。等待秒數: …」。
日誌
- 日誌條數 - 每個專案的日誌保留多少條記錄，預設為 20,000 條；更早的記錄會在執行開始時刪除。參見日誌。
擴充功能
「擴充功能」下是外掛為整個程式儲存的設定，最後是「外掛」頁面。目前只有一個外掛有這類設定：Gallery Downloader，在「站點授權」頁面上，參見 DeviantArt 的存取授權。「外掛」頁面的介紹見外掛。
語言
語言不在設定視窗中：在選單的「語言」下選擇。視窗會立即切換到所選語言。