下載
專案的下載以一次次執行為單位：每次您開始專案，它的外掛都會走訪來源，並下載找到的內容。本頁介紹開始和停止、佇列、追蹤進行中的執行，以及關閉視窗時會發生什麼。
開始、停止、繼續
執行按鈕在專案卡片上；開啟的專案本身沒有開始按鈕。
- 「從頭開始」會從頭走訪來源。專案已有的檔案不會再次下載，您在 NeoDownloader 中刪除過的檔案也不會。
- 「停止」會結束執行。在外掛完全停下之前，卡片上顯示「正在停止」；已經下載的內容不會遺失。
- 「從停下的地方繼續」會在未完成的執行之後出現，前提是外掛能從中斷的地方接著做。它會接手剩下的工作，而不是重新走訪整個來源。
再次執行已完成的專案，即可取得站點上的新內容：「從頭開始」會重新走訪來源，之後卡片上會顯示「+12 新增」，表示這次執行新增的檔案。
佇列
預設情況下，同時下載兩個專案。再開始第三個專案，它就會等待，卡片上顯示「排隊中 · 1」；更多等待的專案按下文所述的順序，從「排隊中 · 2」起依次編號。專案一旦開始執行，就會一直佔著執行中的位置，直到這次執行結束。
等待的專案按建立的先後開始：先建立的專案先開始，與您點選的順序無關。等待中的專案無法往前挪。卡片上的「移出佇列」會把它撤出佇列；再次開始它，它會按同樣的規則回到原來的位置。
同時執行幾個專案，由「設定…」 → 「程式」 → 「執行」中的「同時執行幾個專案」決定；調高這個值，在佇列中等待的專案會立即開始。
另外，「設定…」 → 「程式」 → 「下載」中的「同時下載數」限制正在執行的專案同時下載多少個檔案；兩個專案同時執行時，各自分別遵守這個限制，而站點允許的數量仍可能更少。
檢視執行
專案執行時，卡片上會顯示已完成的檔案數和檔案總數、目前已下載的大小以及速度。開啟專案後，底部欄會顯示同樣的一行資訊，並為每個正在下載的檔案顯示一個進度環；檔案大小未知時，進度環會一直旋轉。像「+3」這樣的數字表示放不下的檔案。在第一批資料出來之前，底部欄上顯示「正在處理來源…」。
點選底部欄會開啟「正在發生什麼」：其中有「檔案」數量和「已下載」大小、外掛報告的內容，以及下載正在等待的原因（如果有的話）。
下載失敗的檔案會被重試，每次重試前等待的時間都會更長；「每個檔案試幾次」決定它總共能試幾次，預設為 5 次。
當站點需要您出面時（登入，或驗證您是真人），執行會在一個視窗中顯示站點的頁面，並等待您處理。這個視窗會在您開始這次執行的 NeoDownloader 視窗中開啟。
執行為什麼會等待
執行可能會主動暫停。這時底部欄會把原因放在最前面：
| 底部欄顯示 | 含義 |
|---|---|
| 等待中: 站點限制 2 | 為了不給站點造成負擔，外掛一次只從該站點下載這麼多個檔案。除了等待，沒有別的辦法。 |
| 等待中: 外掛限制 2 | 同上，但這個限制由該外掛下載的所有站點共用。 |
| 等待中: 您的限制 10 | 已達到「同時下載數」的設定值。您可以把它調高。 |
| 等待中: 站點要求暫停，… | 站點要求放慢速度，執行會等過站點指定的時間；底部欄會顯示倒數計時。 |
在「正在發生什麼」中，每個原因都會詳細說明，例如「等待中: example.com 一次只允許 2 個（8 個在排隊）」。
免費版上限
在免費版中，當專案達到 100 張圖片、10 部影片或 10 個其他檔案時，執行就會停止。「免費版上限」視窗會說明是哪一項，例如「此專案已達到免費版上限：圖片 100 張。執行已停止。」
仍在下載的檔案會回到等待狀態，已找到但尚未下載的所有檔案也一樣。升級到高階版後，再次開始專案，它就會接著下載剩下的部分。開始一個已經達到上限的專案時，則會直接開啟同一個視窗。
關閉視窗
關閉 NeoDownloader 視窗就會關閉程式，所有下載都會停止。
下次啟動 NeoDownloader 時，底部欄會提示「恢復工作: 2 個專案」。「恢復」會把這些專案放回佇列，之前正在下載的排在前面；外掛能接著做時，每個專案都從停下的地方繼續，否則從頭開始，但不會重新下載已有的檔案。「不用了」則會把它們忘掉。這個提示在一分鐘後也會自動消失，您自己開始某個專案時則會立即消失。